Dalam menjalankan Misi Gubernur Jawa Timur yaitu melaksanakan "Tata Kelola Pemerintahan Yang Bersih, Inovatif, Terbuka, Partisipatoris dan memperkuat demokrasi kewargaan untuk menghadirkan ruang sosial yang menghargai prinsip kebhinekaan" didukung dengan Program Pemerintahan dan Otonomi Daerah melalui kegiatan Pelaksanaan Tugas Pemerintahan, Pelaksanaan Otonomi Daerah di Jawa Timur serta Fasilitasi Kerjasama yang dilaksanakan oleh Subtansi Pemerintahan, Subtansi Otonomi Daerah dan Bagian Kerjasama.